AKP Hükümeti, cemaat vakıflarının taşınmaz mal edinmelerine ve yurt dışındaki yabancı vakıfların, Türkiye'de temsilcilik, ya da şube açmalarına izin veren bir dizi yasal düzenleme yapması, farklı bir boyutta tartışılmaya başlandı.
Bu vakıflardan, azınlık vakıfları, yıllardır din yayılmacılığı misyonu ile Türkiye'ye gelen misyonerlerin hedef kitlelerine ulaşabilmeleri için uygun mekânlar haline gelmişti. Cemaat vakıflarına, imtiyaz ve ayrıcalık tanınması için, yapılan dayatmacılığın arkasında, misyonerlere, rahat çalışma ortamı sağlamak hedefi yatar.
Nitekim Yunanistan Dışişleri Bakanı Dora Bakoyanni, yaptığı açıklamada Türkiye'den İstanbul Fener Rum Patrikhanesi'nin, ekümenik sıfatını tanımasını ve Heybeliada Ruhban Okulu'nu açmasını istedi.
Bakoyanni, Türkiye'nin AB'ye karşı yükümlülükleri arasında, "İstanbul Fener Rum Patrikhanesi'nin ekümenik sıfatını tanımak, Heybeliada Ruhban okulunun açılması, dini ve azınlık haklarına saygı gösterilmesinin de bulunduğunu" söylemiş, TBMM'de onaylanan vakıflar yasasının, iki ülke ilişkilerinde cesaret verici bir adım olduğunu da kaydetmiştir. Oysa Lozan Antlaşma metninde, Fener Patrikhanesi ile ilgili bir hükme yer verilmediği gibi antlaşmanın sonuç metninde ve konvansiyonun eklerinde, Fener Rum Patrikhanesi'nin ismen dahi zikredilmediği, sadece bir azınlığın kilisesi olarak metinde yer almıştır.
AB uyum yasaları, bahane edilerek yapılan yasal düzenlemeleri, daha iyi anlayabilmek için öncelikle Lozan Antlaşmasına ve Vakıflar Kanunu'na, bir bakmak gerekmektedir. 1912 yılında, bir kanun çıkarıldı. Bu kanunun 3'ncü maddesinde, Osmanlı cemaat ve hayır kuruluşlarının, o güne kadar takma isimlerle edindikleri taşınmazları 6 ay içinde bildirmeleri isteniyordu. Buna göre, azınlık cemaatleri taşınmazlarını kendi tüzelkişilikleri adına tescil ettirebileceklerdi. Cemaat vakıfları, birer beyanname ile gerekli başvuruları yaptılar ve birer vakfiyeleri olmamasına rağmen, kendilerine bağlı tüm okul, yetimhane, kilise, havra, hastane gibi kuruluşlar hükmi şahsiyet olarak tescillendi.
Azınlık vakıfları, Lozan'ın da en sorun oldu. Konferanslar sırasında, Türk heyeti ile yabancı heyetler arasındaki tartışma konularından biri de "Fener Rum Patrikhanesi" ile ilgili mesele olmuştur. İsmet İnönü, patrikhanenin siyasi bir komite ve kışkırtma ocağı olduğunu belirterek, söz konusu kurumun, Türkiye topraklarının dışına çıkarılmasını talep etmiş, ancak İngiliz Lord Kurzon ve Yunanlı Venizelos, patrikhanenin, bir Türk müessesesi olduğu konusunda ısrar etmişti. Her ikisi de patrikhanenin bu tarihten itibaren siyasi ve idari işlerle uğraşmayacağı konusunda sözlü taahhüt vermişti. Türkiye'de Ermeni, Rum ve Musevi cemaatlerinin azınlık olarak kabul edilmesini sağlayan Lozan Antlaşması, azınlık haklarını ve vakıflarını düzenlemesi açısından, da son derece önemliydi. Çünkü bu antlaşmayla, Türkiye'deki mevcut azınlık vakıflarına tanınan haklar, Türk Hükümeti'nin koruması altına alınıyordu.
Öte yandan Büyük Ortadoğu Projesiyle, bölgedeki diğer 21 ülke gibi Türkiye'nin de sınırları değiştirilmek isteniyor. ABD'nin çizdiği, Türkiye'nin Doğu ve Güneydoğusu'nu da kapsayan "Kürdistan" haritaları elden ele dolaşıyor. Ermeni soykırımı iddialarının ucu da, bölünmez bütünlüğü tehdit ediyor. Türkiye'yi köşeye sıkıştırmak isteyen Ermeni diasporası, amacının tazminat ve toprak talebi olduğunu gizleme gereği bile duymuyor. Karadeniz Bölgesi'nde yürütülen faaliyetlerde, benzer amaçları hedefliyor. Bölgede Pontus-Rum propagandası yapılıyor. Vakıflar yasasından, azınlıklara tanına haklar bu gelişmeleri daha da hızlandıracaktır.
Evrensel kurallara göre vakıflar, üzerinde kuruldukları coğrafyanın bağlı bulunduğu devletin menfaatlerini gözetmek kaydıyla kurulabilir. Ancak gerek Osmanlı Devleti, gerekse Cumhuriyet döneminde, azınlık vakıfları, sürekli olarak Batılı ülkelerin müdahalelerine konu olmuş ve devletin sistemi adeta işlemez hale getirilerek, bu vakıflara olağanüstü imtiyazlar tanınmıştır.
Azınlık vakıflarına yönelik gelişmeleri ve tarihsel süreci bilmek, bu baskı ve dayatmaların nedenlerini ve sonuçlarını anlamak bakımından, son derece önemlidir. Vakıflar Yasası Anayasa Mahkemesi tarafından iptal edilir mi bilinmez ama önümüzdeki yıllarda, Vakıflar Yasası ile azınlıklara sağlanan hakların, ülkemize sorun yaratacağı kesindir.
